這是一個距離我們並不遙遠的科幻故事，聯合國為了緩和暖化危機，以碳素作為經濟指標也就是「碳素經濟」，而日本因為第二次關東大地震，日本政府為了拯救經濟，將日本變成了吸收二氧化碳的森林。並建立一個阿特拉斯計畫，希望能容納所有的東京居民，但是政府以建造為名，只允許少數人住進去，其他人只能生活在地面上，受到炸彈雨跟基因改造植物代達羅斯的襲擊而苟延殘喘。原來阿特拉斯，大家心中希望能帶來幸福的計畫，背後卻是以無數的小孩人柱來支撐東京都的龍脈。
人物很多，關係也蠻複雜的，故事與人物結合了許多元素，整合在一起但並不突兀，而且每一集的故事節奏不急不徐，真的是一個好故事。
象徵太陽的北條國子、月亮的美邦與大地的草薙國仁，三個人都被選為繼承人，但三個人的身世卻不同。美邦是以卑彌呼基因與人類基因製造出來的，北條國子是卑彌呼的clone，草薙國仁是純粹的人類。作品就是在描述他們不同的際遇，也在選擇誰是真正的繼承人。
桃子跟美子在東京崩壞後，來到聖堂，桃子作為國子的導師。美子後來抽到進入阿特拉斯居住的機會，進入了月球殿服侍美邦。兩位變性人，有著堅毅卻又不失女子纖細的個性。
鳴瀨涼子算是阿特拉斯的總指揮官，原本被北條風子設定為服侍阿提特斯公社的最高經營責任者水蛭子的傀儡，但這個傀儡掙脫了束縛，利用了阿特拉斯的超級電腦宙斯。希望能掌握全世界，一個核戰後縮小到只有阿特拉斯的世界。涼子的身邊有Z4服侍，在他身邊，只要稍一不慎，就會被毀滅，因為其他人都是他的棋子。
石田香凜因父母無法長期在身邊，而有社交恐懼症，是個電腦駭客，在北條風子、塔爾夏、張、貧窮的克拉莉斯創造了美杜莎，一個在碳素經濟下，用來賺錢的電腦程式。最後也能面對父母雙亡的現實，走入人群。
秋葉原還是一樣，什麼東西都買得到，「萌」產物一樣支撐著在裡面的人，住在裡面的三個老爺爺，給了不少幫助。
碳素經濟的時代，如果碳素指數是2的話，1000日元的商品賣了2000日元，其中1000日元會作為碳素稅。利用碳素經濟的構成，將二氧化碳排放量少、稅率低的國家作為投資的對象，取得利益的便是被稱作碳素商人。也是美杜莎的用途，使用美杜莎，可將碳素指數高的國家的二氧化碳排放量降低，這就能賺錢。故事中連黃金金塊都變成了純碳素塊，雖然太誇張了，但這是把碳作為經濟指標的象徵。
法國總統薩科齊在發表講話說，法國將從２０１０年起徵收二氧化碳排放稅，每噸徵稅１７歐元。薩科齊希望通過這一舉措改變法國人的能源消費習慣。碳素稅，就是將二氧化碳轉化為經濟指數的第一步。
「香格里拉」「香巴拉」「心中的日月」應該都是一個美麗新世界的代名詞，阿特拉斯以人命來維持一個夢想中計畫，這不是幸福。正如北條國子所說，要一個人人都能笑著生活，每一個人都渴望回歸，大家都能住進去的地方，只有到達那個終點，才是大家心中的「香格里拉」。
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